其問題主要存在于衛生/潔凈度及生產穩定性等方面。

     （1）木材易受潮、發霉、蟲蛀，且無法清洗。此外，其表面木屑脫落及螺釘銹蝕的問題也無法克服。

     （2）由于木材是天然材料，其質量受地域氣候等多方面影響，即便是同一批原料，在干濕度、風裂等方面亦不好達到統一標準。

     （3）木制托盤使用壽命較短，常規使用下周轉次數約在200-300次。

     （4）同樣由于衛生原因（主要是天牛蟲的侵害），自國外對我國出口用木制托盤相繼發出禁令，木托盤需經熏蒸等方法處理后方可出口。熏蒸所需時間及費用均較大（一般需48小時，費用為成本的20﹪左右），且熏蒸所用藥劑（如溴化鉀醇等）又為有害制劑。此外，出口使用后的托盤需由承運商負責運走或作銷毀處理。這很大影響了1次性木制托盤的應用。

     （5）木制托盤對木材的需求造成了對森林資源的很大消耗乃至破壞。從發展趨勢看，其原料資源將日益枯竭。